Historię instrumentarium organowego Archikatedry Fromborskiej można podzielić na cztery etapy:
1) Pierwsze wzmianki o organach w katedrze pojawiają się już w 1380 r. Organy te mogły się w prezbiterium, ponieważ była to najwcześniej oddana do użytku część katedry podczas jej budowy. Jan z Chojnic wybudował nowe organy, które istniały do czasów potopu szwedzkiego. Nie są jednak znane szczegółowe, u
dokumentowane informacje o tych instrumentach co do ich brzmienia, dyspozycji, wyglądu i umiejscowienia w katedrze.
2) Po zrabowaniu wyposażenia katedry przez Szwedów (w tym organów), w 1683 r. Radziejowski zlecił wybudowanie nowego instrumentu Danielowi Nitrowskiemu z Gdańska, po którym empora wraz z barokowym prospektem zachowały się do dziś. Był to instrument o mechanicznej trakturze gry i rejestrów, z wiatrownicami klapowo - zasuwowymi i stołem gry wbudowanym w centralną część cokołową szafy organowej. Pierwotna 27 głosowa dyspozycja tego instrumentu rozdzielona pomiędzy 2 manuały i pedał przedstawiała się następująco:
Manuał I - Pozytyw (E - c3)
Kwintadena 8`
Flet kryty 8`
Pryncypał 4`
Flet kryty 4`
Flet ostry 4`
Nazart 2 2/3`
Oktawa 2`
Scharf 3x
Dulcjan 16`
Manuał II - główny (E - c3)
Burdon 16`
Pryncypał 8`
Flet ostry 8`
Oktawa 4`
Flet 4`
Kwinta 2 2/3`
Oktawa 2`
Sesquialtera 2x
Mixtura 3x
Trąbka 8`
Pedał (C - c1)
Pryncypał 16`
Bas otwarty (drewno) 16`
Bas kwintowy 10 2/3`
Oktawa 8`
Flet 8`
Chorał 4`
Salicjonał 8` lub głos wielorzędowy - rozbieżność w informacjach źródłowych
Puzon 16`
Rejestry pomocnicze:
Tympani
Stella
Tremolo
Choć prospekt tych organów jest wspaniałym i nieocenionym dziełem sztuki, to sam instrument niedługo po jego wybudowaniu sprawiał wiele kłopotów eksploatacyjnych, co można wywnioskować po zapoznaniu się z wzmiankami o jego kondycji technicznej w archiwach kapituły warmińskiej. Przez cały XVIII i XIX w. organy te były wielokrotnie naprawiane i przebudowywane przez wielu organmistrzów. Źródła w tym miejscu wymieniają takie nazwiska, jak Staniszewski, Wolff (Wulff), Frólich, Casparini, Terletzki. Ten ostatni w II poł. XIX w. wskazał faktyczną przyczynę ciągłych defektów technicznych organów fromborskich - osuwająca się empora wskutek pęknięcia ściany nośnej nad portalem głównego wejścia do katedry. Wszystkie wspomniane prace jednak nie przynosiły w pełni zadowalających rezultatów, tak że w XX w. organy były już w fatalnym stanie i w znacznym stopniu nie nadawały się do użytku. Warto tutaj wspomnieć romantyzację pierwotnej dyspozycji głosowej, o której wspominają źródła, jednak nie podają precyzyjnych informacji, kto i dokładnie kiedy tego dokonał. Dyspozycja po przeobrażeniu estetycznym w duchu romantyzmu przedstawiała się następująco:
Manuał I - pozytyw (E - c3)
Flet maior 8`
Kwintadena 8`
Viola di gamba 8`(bez pierwszej oktawy)
Pryncypał 4`
Flet minor 4`
Gemshorn 4`
Nazard 3`
Oktawa 2`
Trąbka 8`
Manuał II - główny (E - c3)
Burdon 16`
Pryncypał 8`
Flet ostry 8`
Flet amabile 8`
Aeolina 8`
Oktawa 4`
Salicet 4`
Kwinta 2 2/3`
Oktawa 2`
Mixtura 2 - 3x
Pedał (C - c1)
Pryncypał 16`
Bas otwarty 16`
Kwinta 12` (10 2/3`)
Oktawa 8`
Salicjonał 8`
Flet kryty 8`
Chorałbas 4`
Puzon 16`. W takim stanie zastał instrument organmistrz Bruno Goebel z Królewca, który w 1930 r. sporządził sprawozdanie o stanie instrumentu, jednocześnie ustalając pierwotną dyspozycję Nitrowskiego na podstawie zachowanych zapisków na piszczalnikach. Goebel przy tej okazji złożył również swoją ofertę na budowę nowych organów, która jednak nie była wzięta pod uwagę.
3) W 1935 r. Emanuel Kemper z Lubeki usunął stare organy, pozostawiając dawny, istniejący do dziś prospekt z emporą i umieścił w nim zupełnie nowy instrument o elektropneumatycznej trakturze z wiatrownicami woreczkowo - wentylowymi (jeden z typów wiatrownic upustowych). organy zostały wyposażone w 5 manuałowy stół gry, gdzie trzy pierwsze manuały obsługiwały organy główne, a manuały IV i V obsługiwały organy chórowe, które w tym samym czasie Kemper zbudował na poddaszu Kaplicy Polskiej, od południa przylegającej do prezbiterium katedry. Dyspozycja organów głównych liczyła 35 głosów i przedstawiała się następująco:
Manuał I - Positiv (C - f3)
Quintadena 8`
Rohrflóte 8`
Prinzipal 4`
Gemshorn 4`
Blockflóte 2`
Fłóte 1`
Tertian 2x
Scharff 4x
Krummhorn 8`
Tremulant
Manuał II - Hauptwerk (C - f3)
Quintadena 16`
Prinzipal 8`
Kupferflóte (Flet miedziany) 8`
Gemshorn 8`
Octave 4`
Gedeckt 4`
Quinte 2 2/3`
Octave 2`
Mixtur 5x
Dulzian 16`
Span. Trompete 8`
Manuał III - Schwellwerk (C - f3)
Holzoctave 8`
Gedeckt 8`
Ital. Prinzipal 4`
Rohrflóte 4`
Waldflóte 2`
Zimbel 2x
Vox humana 8`
Pedał (C - f1)
Prinzipal 16`
Subbass 16`
Octavbass 8`
Flóte 8`
Quintadena 4`
Rauschpfeife 4x
Posaune 16`
Tompete 4`
Organy chórowe:
Manuał IV - Hauptwerk (C - f3)
Prinzipal 8`
Gemshorn 8`
Octave 4`
Octave 2`
Mixtur 3x
Manuał V - Oberwerk (C - f3)
Holzflóte 8`
Salicional 8`
Unda maris 8`
Koppelflóte 4`
Gemshorn 2`
Sedez 1`
Pedał (C - f1)
Subbass 16`
Quintadena 8`
Nowe organy były na tyle duże, że piszczałki poza ciasnym zajęciem całej zabytkowej szafy organowej, zajęły również całą powierzchnię empory i zabrakło tam miejsca na stół gry, który musiał znaleźć się na posadzce katedry. Wtedy również pojawiły się w prospekcie charakterystyczne trąbki hiszpańskie. Oba instrumenty zostały podłączone elektrycznie do istniejącego do dziś stołu gry, który wówczas został umieszczony w prezbiterium.
4) W 1945 r. organy zostały zdewastowane przez czerwonoarmistów okupujących przez kilka miesięcy Wzgórze Katedralne. W kolejnych latach pewne elementy instrumentu zostały również wyszabrowane. Dopiero w 1961 r. udanej próby uruchomienia częściowo zachowanych organów podjął się salezjanin ks. Józef Sianko wraz z ówczesnym organistą katedralnym Jerzym Piaskowskim. Przenieśli oni również stół gry z prezbiterium do miejsca, w którym znajduje się obecnie (tzn. pod organami głównymi). W następnych latach brakujące głosy uzupełniały firmy W. Truszczyńskiego i J. Sobiechowskiego. Były one jednak bardzo słabej jakości. Nieodpowiedni dobór nowych piszczałek, oraz konieczność renowacji całego instrumentu spowodowała, iż w 1966 r. kompleksowego remontu organów wraz ze zmianą i rekonstrukcją części głosów podjął się D. Biernacki pod nadzorem J. Jargonia. W latach 1977-1979 firma Z. Kamińskiego dokonała ostatniej rozbudowy i przebudowy instrumentu i takim kształcie istnieje on do dziś. S. Historia organów Fromborskich jest ciągle odkrywana, przejawiając coraz to nowe, nieznane tajniki zwłaszcza z okresu ich powojennych losów. W najbliższym czasie opis powyższy będzie jeszcze uzupełniony o stan dyspozycji sprzed ostatniej przebudowy i rozbudowy oraz oczywiście aktualna dyspozycja po ostatniej przebudowie utrzymana do dziś.