În primăvara anului 1990, un grup de tineri actori, , absolvenţi ai Şcolii Superioare de Teatru ,,Boris Şciukin” din Moscova, în frunte cu actorul și regizorul Petru Vutcărău, părăsește Teatrul ,,Luceafărul” și fondează la Chișinău primul teatru independent, Teatrul Eugene Ionesco. Din lipsă de sediu, tânăra echipă este nevoită să plece în România, unde îți desfășoară activitatea timp de șase luni
în cadrul teatrului ,,Anton Pann” din Râmnicu Vâlcea. După ce revine la Chișinău, Teatrul Eugene Ionesco este oficializat ca instituție de Stat, printr-un ordin semnat la 9 septembrie 1991 de Ministrul Culturii și Cultelor Ion Ungureanu. Tot atunci teatrul își deschide prima stagiune cu spectacolul „Cântăreața cheală” de Eugene Ionesco, în regia lui Petru Vutcărău, care este și prima piesă scrisă de marele dramaturg, părintele teatrului absurdului. Chiar din start Teatrul Eugene Ionesco se declară instituție de cultură a două ministere: Ministerul Culturii și Cultelor din Republica Moldova și Ministerul Culturii din România.
În stagiunea 1992 – 1993, a treia promoție de absolvenți moldoveni ai Şcolii de Teatru ,,Boris Şciukin” din Moscova vine să completeze trupa teatrului, aceasta marcând începutul celei de-a doua perioade de ascendență a teatrului. În anul 1993, Teatrul Eugene Ionesco devine membru ITEM (Informal European Theatre Meeting), fiind prima instituție de acest gen din Moldova care se include în circuitul teatral european și internațional. În 1994, la inițiativa directorului Val Butnaru, Teatrul Eugene Ionesco organizează și desfășoară la Chișinău primu Festival Internaţional de Teatru din ţară – Bienala Teatrului Eugene Ionesco, BITEI, care devine ulterior un eveniment teatral tradițional, îndrăgit și așteptat de toți iubitorii de teatru. Cu fiecarea stagiune nouă, Teatrul își amplifică spectrul activităților – abordează teme noi, dezvoltă tradiția „spectacolelor mari”, acordă o atenție sporită dramaturgiei moderne naționale și internaționale, colaborează cu regizori invitați cm ar fi: Kenneth Campbell (SUA), Moshe Yassur (SUA), Charles Lee(Franța), Alex Berceanu(România), Chris Nedeea(România), Nugzar Lordkipanidze (Georgia) Ion Sapdaru (România). Teatrul lansează noi regizori, care mai târziu devin nume notorii în regia autohtonă: Sandu Cozub, Vitalie Drucec, Veaceslav Sambriș. Realizează coproducții cu companii din străinătate: Les Oiseaux de Passage (Franța), Hachimaru (Japonia), Kaze (Japonia). Unul dintre cele mai importante proiecte din această perioadă a fost spectacolul Mașinăria Cehov în regia lui Petru Vutcărău, după piesa lui Matei Vișniec, realizat în limba franceză și jucat ulterior la Bucureşti, Paris, Chișinău și în mai multe orașe din Franța și Japonia. De-a lungul a 30 de ani, Teatrul Național Eugene Ionesco a efectuat zeci de turnee și a participat la numeroase festivaluri internaționale în diferite colţuri ale lumii cm ar fi: Marea Britanie, Egipt, Estonia, Franţa, Georgia, Italia, Japonia, Pakistan, Polonia, România, Rusia, Spania, Turcia, Ucraina, Ungaria, Belarus, Coreea de Sud, ducând faima Republicii Moldova în lume și contribuind la promovarea imaginii țării noastre în plan internațional.
În cadrul ediției a XII-a, a Festivalului BITEI 2016, la inițiativa Ministrului Culturii, prin Hotărâre de Guvern, Teatrului Eugene Ionesco i se conferă prestigiosul titlu de Teatru Naţional.
