Sus orígenes fueron los talleres municipales de Pintura en el año 1959, conducidos por Ernesto Fertonani y de Escultura en 1968 guiados por el profesor Roberto Favaretto Forner, ambos de la ciudad de Santa Fe. El reconocimiento oficial se logró cuando por Decreto -Ordenanza N° 3407 de fecha 31 de diciembre de 1969, se creó el Liceo Municipal, que tomó la forma de Escuela de Artes Visuales, con el
dictado regular de cursos, programas aprobados para cada asignatura y la posibilidad de expedir el título habilitante de Maestro de Artes Visuales. Luego, aunque la institución conservó su infraestructura, dejó de otorgar el título y de exigir el cursado de los cuatro años de la carrera, lo cual origina el desarrollo de nuevas actividades artísticas con la metodología de talleres libres. En el año 1973 mediante Decreto-Ordenanza N° 3918 se le otorga el nombre "Miguel Flores", como reconocimiento a un representante de la plástica local que lo supo ganar tanto por sus cualidades humanas como por su aporte a la cultura de la comunidad rafaelina. En la actualidad el Liceo Municipal "Miguel Flores" trabaja en función de tres ejes: los talleres libres para niños, jóvenes y adultos; los talleres barriales a través del ÓMNIBUS CULTURAL MUNICIPAL (a partir del cual también se lleva a cabo el programa Artentapiales de la Secretaría de Espacios, Servicios Públicos y Medio Ambiente); y el tercer eje lo constituye la carrera del PROFESORADO DE ARTES EN ARTES VISUALES. Además el Liceo cumple una importante función y colobara desde distintos lenguajes artísticos en la organización de eventos, actividades y proyectos de la Secretaría de Educación y Cultura de la Municipalidad de Rafaela, como así también de otras instituciones de la ciudad; participa en muestras, festivales, encuentros, y articula dinámicas artísticas con escuelas rurales.
